Oltre agli arresti e alle deportazioni, dal 1943 al 1945 oltre 300 ebrei vennero uccisi per motivi di rapina o rappresaglia; vi furono anche vari suicidi.

Le vittime degli eccidi compiuti fra metà settembre e metà ottobre del 1943 nei pressi del lago Maggiore furono 54. Nel settembre 1944 a Forlì 17 ebrei stranieri furono prelevati dalle carceri e fucilati. Numerosi eccidi contro la popolazione civile ebbero fra le loro vittime anche cittadini ebrei (sull’Appennino toscano, a Cuneo, vicino Gubbio, a Ferrara, ad Ascoli Piceno).

Uno degli episodi più gravi fu la strage delle Fosse Ardeatine a Roma, attuato per ritorsione a un attentato contro le forze d’occupazione tedesche. Vi trovarono la morte 335 persone, prelevate fra i reclusi nelle carceri; di questi 75 erano ebrei.

Il 1° agosto 1944, a Pisa, nell’abitazione del presidente della Comunità israelitica Giuseppe Pardo Roques, un gruppo di militari tedeschi uccise 12 persone, tra cui 7 ebrei. Sempre in agosto, nella tenuta del Focardo, vicino Firenze, venne distrutta la famiglia del cugino di Albert Einstein, l’ingegnere Robert. La moglie, non ebrea, e le due figlie furono barbaramente trucidate dai nazisti. Robert Einstein si suicidò l’anno successivo sulla loro tomba